O comando de desligamento do Linux funciona muito bem, mas se você quiser uma interface gráfica para agendar o desligamento do sistema, Desligar o Linux com o EasyShutdown é a resposta. Ele é um aplicativo muito básico que permite definir o tempo de desligamento automático em horas, minutos e segundos.
Desligar o Linux com o EasyShutdown – veja como fazer