Como instalar o simulador NEST no Fedora e derivados

Trabalha com neurociência e quer usar uma ferramenta útil no seu PC com Linux? Conheça e veja como instalar o simulador NEST no Fedora e derivados!

Por

Edivaldo Brito

12/11/2018

Se você trabalha com neurociência e quer usar uma ferramenta útil no seu PC com Linux, conheça e veja como instalar o simulador NEST no Fedora e derivados.

A versão mais recente do simulador NEST está agora disponível no Fedora como parte da iniciativa NeuroFedora.

Como instalar o simulador NEST no Fedora e derivados

O NEST é uma ferramenta padrão usada por neurocientistas computacionais para fazer modelos computacionais em grande escala do cérebro que são necessários para investigar, entre outras coisas, como o cérebro processa informações.

NEST oferece uma ampla gama de modelos prontos para uso, excelente documentação e é ssuportado por uma próspera comunidade de desenvolvimento de código aberto.

Ele fornece uma interface Python simples que facilita muito o uso. Além disso, ele foi projetado para ser executado em laptops e clusters de supercomputação.

Dessa forma, ele pode ser usado para criar modelos que variam de alguns neurônios até aqueles que incluem milhões de neurônios.

Para referência, o cérebro humano contém 86 bilhões de neurônios, em média!

É possível construir esses clusters usando a Message Passing Interface (MPI), e os clusters devem ser criados separadamente para suportá-lo.

Como instalar o simulador NEST no Fedora e derivados

Para instalar o simulador NEST no Fedora e derivados, você deve fazer o seguinte:

Passo 1. Abra um terminal;
Passo 2. Para instalar uma versão que não usa MPI para uso em uma estação de trabalho/laptop, use o comando abaixo;

sudo dnf install nest python3-nest

Passo 3. O Fedora inclui duas implementações de MPI: MPICH e OpenMPI, e o NEST foi construído para ambos. Para a versão do MPICH, basta instalar as variantes do mpich com esse comando;

sudo dnf install nest-mpich python3-nest-mpich

Passo 4. Para o OpenMPI, os comandos são semelhantes;

sudo dnf install nest-openmpi python3-nest-openmpi

Passo 5. Finalmente, o seguinte comando carrega os módulos de ambiente MPI para ativar a variante NEST correta;

module load mpi/mpich-x86_64  # mpi/openmpi-x86_64 for openmpi

Em seguida, o NEST usa algumas variáveis de ambiente, que podem ser configuradas ao se obter o arquivo nest_vars.sh:

which nest_vars.sh

/usr/lib64/mpich/bin/nest_vars.sh

source /usr/lib64/mpich/bin/nest_vars.sh

Pronto! Após a instalação e configuração do NEST, você pode começar a usá-lo dentro de um shell Python.

A documentação do NEST é fornecida em um pacote nest-doc e também fornecemos um arquivo README.fedora em todos os pacotes de ninho: nest, nest-mpich, nest-openmpi que fornecem instruções detalhadas sobre o uso de diferentes variantes. O mesmo arquivo também pode ser encontrado aqui.

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