Como instalar o analisador de dados FastQt no Linux via AppImage

Quer fazer uma análise de qualidade em dados de sequência bruta? Conheça e veja como instalar o analisador de dados FastQt no Linux via AppImage!

Se você quer fazer uma análise de qualidade em dados de sequência bruta, conheça e veja como instalar o de dados FastQt no Linux via .

O FastQC é um aplicativo que fornece uma maneira simples de fazer algumas verificações de controle de qualidade em dados de sequência bruta provenientes de pipelines de seqüenciamento de alto rendimento.

Como instalar o analisador de dados FastQt no Linux via AppImage
Como instalar o analisador de dados FastQt no Linux via AppImage

Ele fornece um conjunto modular de análises que você pode usar para dar uma rápida impressão se seus dados têm algum problema do qual você deve estar ciente antes de fazer qualquer análise adicional.

As principais funções do FastQC são:

  • Importação de dados de arquivos BAM, SAM ou FastQ (qualquer variante);
  • Fornecendo uma visão geral rápida para informá-lo em quais áreas pode haver problemas;
  • Gráficos e tabelas de resumo para avaliar rapidamente seus dados;
  • Exportação de resultados para um relatório permanente baseado em HTML;
  • Operação off-line para permitir a geração automatizada de relatórios sem executar o aplicativo interativo.

Já o FastQt é o clone do aplicativo FastQC portado de Java para C++/Qt5.

Como instalar o analisador de dados FastQt no Linux via arquivo AppImage

Para instalar o analisador de dados FastQt no Linux via arquivo AppImage, você deve fazer o seguinte:

Passo 1. Abra um ;
Passo 2. Confira se o seu sistema é de 32 bits ou 64 bits, para isso, use o seguinte comando no terminal:

uname -m

Passo 3. Se seu sistema é de 64 bits, use o comando abaixo para baixar o programa. Se o link estiver desatualizado, acesse essa página, baixe a última versão e salve-o com o nome fastqt.appimage:

wget https://github.com/labsquare/FastQt/releases/download/0.2.3/fastqt-0.2.3-linux-x86_64.appimage -O fastqt.appimage

Passo 4. Dê permissão de execução para o arquivo baixado;

chmod +x fastqt.appimage

Passo 5. Agora instale o programa com o comando;

sudo ./fastqt.appimage --install

Passo 6. Quando você inicia o arquivo pela primeira vez, será perguntado se deseja integrar o programa com o sistema. Clique em “Yes” (Sim) se quiser integrá-lo ou clique em “No” (), se quiser. Se você escolher Sim, o iniciador do programa será adicionado ao menu de aplicativos e ícones de instalação. Se você escolher “No”, sempre terá que iniciá-lo clicando duas vezes no arquivo AppImage.

Pronto! Agora, você pode iniciar o programa no menu Aplicativos/Dash/Atividades ou qualquer outro lançador de aplicativos da sua distro, ou digite yyy ou em um terminal, seguido da tecla TAB.

Integrando o analisador de dados FastQt no sistema

Se você quiser integrar melhor esse programa no seu sistema, instale o AppImageLauncher, usando esse tutorial:
Como instalar o integrador AppImageLauncher no Linux

Veja também

Você também pode instalar o programa usando esse outro tutorial:
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